反軍人干政

1990年5月2日媒體傳出李登輝總統可能提名國防部長郝柏村擔任行政院長，引發社會一片嘩然。當晚即有台大大新社成員前往中正紀念堂抗議軍人干政。5日在「全國學生運動聯盟」的號召下，群眾開始集結於中正紀念堂展開抗爭，學生組織「小蜜蜂特攻隊」以「噴漆」方式宣傳理念與訴求，並抗議媒體封鎖消息。17日由教授與文化界所組成的「知識界反軍人干政聯盟」於省立博物館（現台灣博物館）靜坐抗議，聲援反軍人干政行動。20日全學聯與社運團體發起「全民反軍人干政大遊行」，但國民黨中常會仍舊通過郝的提名案。「反軍人干政聯盟」隨即將抗爭焦點轉向立法院的同意權，但仍舊無法阻擋。

獨台會案

1991年5月9日凌晨，調查局幹員拘提清大史研所學生廖偉程、文史工作者陳正然、社運人士王秀惠與傳道士林銀福，指稱四人接受旅日台獨份子史明資助，在台發展「獨立台灣會」（獨台會）組織，並逮捕協助張貼文宣的安正光，史稱「獨台會案」。事件爆發後，清大學生組織「廖偉程救援會」於校內展開遊行，並前往新聞局、立法院、台北市調查處示威抗議。12日，「全民反政治迫害聯盟」學生，前往中正紀念堂靜坐抗議，並有數名教授到場聲援，遭警方強制驅離，打傷陳師孟等多名教授與學生，引發各校大規模罷課行動。15日「廖偉程救援會」及「全學聯」學生成員佔領台北車站，要求「廢除懲治叛亂條例、反對政治迫害」。直至17日立法院三讀通過廢除《懲治叛亂條例》，而廖偉程、陳正然等四人獲得交保釋放後，才於20日撤離車站，參與「反白色恐怖及政治迫害大遊行」。

反刑法第一百條

《懲治叛亂條例》雖然廢除，《刑法一〇〇條》仍違背憲法保障的基本人權。8月30日主張台獨的郭倍宏與李應元相繼被捕，引發另一波抗爭行動。10月9日由學術界與知識界所成立的「一〇〇行動聯盟」，以「反閱兵、廢惡法」為訴求，於台大醫學院基礎醫學大樓展開靜坐抗議，政府以「違反集會遊行法」動用憲兵強制驅離。1992年5月15日立法院三讀通過《中華民國刑法》第一百條修正案，刪除陰謀叛亂罪處罰，在法律上落實思想自由、學術自由與言論自由。廖偉程等人則因行為未違反修正後的《中華民國刑法》第一百條，無罪定讞，獨台會案終告一段落。

1989反核四運動

1986年車諾比核災凸顯核安問題，「台灣環保聯盟」率先展開反核抗爭。大專院校學生亦成立「反核學生工作隊」。1992年立法院通過原凍結的核四預算，反核團體發起罷免擁核立委、核四公投、反核遊行等。2001年民進黨在政治妥協下，重啟核四興建，反核運動面臨挫敗。2005年「綠色公民行動聯盟」轉以反核紀錄片等文化活動、貢寮在地經營及國際串連等方式，繼承反核運動。2011年日本福島核災與2014年林義雄絕食，終於使核四廠暫時封存。

三法一案．勞工運動

1988年11月為聲援苗栗客運罷工及抗議工會法和勞基法修正草案，工運團體發起首次全國性工會聯合行動「二法一案大遊行」。1989年遠化罷工遭國家暴力鎮壓，許多學生開始參與各種工運組織與抗爭。1992年「三法一案大遊行」，首次喊出「工學聯合、改造社會」的口號。隨後台灣勞工陣線與工人立法行動委員會成為台灣工運兩大聯盟，每年定期舉行「春鬥」「秋鬥」，均有不同世代的學運成員及組織參與其中。近年來，仍有不少學生關懷關廠工人抗爭與青年貧窮問題。



反高學費運動

1994年，包括輔仁、東吳、淡江、文化、台北醫學院等五校學生所組成的「私校聯盟」，與部分公校學運團體發起反高學費運動。1996年後，教育部調高公私立學雜費，導致更多公校學生加入抗爭。1998年，學生籌組「反高學費行動聯盟」，提出包括降低各校學費、向企業課徵教育捐、反對教育商品化與市場化、全額補助失業勞工子女學費等抗爭訴求。


410教育改革運動

1994年4月10日，由大學教授、人本教育基金會等數十個公民團體所發起「四一〇教育改造」大遊行，吸引許多青年教師與學生志工參與整體活動的規劃與執行。此次大遊行提出四項主要訴求：落實小班小校、廣設高中大學、推動教育現代化、制定教育基本法，為台灣首次由小學至大學全面要求教改的遊行運動，至今改革與反改革的後果仍餘波盪漾。


14、15號公園反拆遷運動

14、15號公園反拆遷運動，又稱「反對市府推土機運動」。1997年，台北市長陳水扁違反「先建後拆」承諾，決議3月4日拆除公園預定地上的康樂里「違建戶」，引發社會各界、聲援教授及學生的批判與抗爭。

社區與都市社會運動
自1989年無殼蝸牛運動始，包括1996年的永康公園拆除抗爭、14、15號公園拆遷抗爭、寶藏巖等。政府與財團重塑都市空間不斷造成社會爭議，也激起市民參與都市規劃的思潮。另一方面，社區總體營造、全國社區大學聯盟、921地震的災後重建團隊等，也吸引部份學生投入參與。迄今土地商品化與炒作再起，抗爭運動也隨之重返，包括樂生療養院保存抗爭、苗栗大埔反迫遷、士林王家都更抗爭、華光社區與紹興南街等拆遷抗爭、以及2014巢運等，都能見到學生活躍的參與身影。


草山學運

1994年2月，疑似因與系主任許坤成藝術理念衝突，導致文化美術系大四生秦政德成績不及格遭退學。3月，藝術法西斯、草山學會及美術系學會開始以文宣、靜坐、懸掛大型布條、演講、行動劇等方式表達不滿，引起媒體注意。校方為反制學生，花十萬在中國時報買下半版廣告，使美術系學生群起激憤，在4月28日展開為期34天的連續罷課行動。

從相思林到東海保衛戰

「相思林事件」是東海學運史的里程碑與象徵。1990年6月14日東海學生發現郵政總局雇請工人砍伐相思林，掀起學生捍衛相思林與校園空間的抗爭行動。隨後包括興建綜合大樓的「二次相思林事件」、興建電腦備援中心的「三次相思林事件」及「118停車場事件」，均為相思林事件的延續，學生以具體行動對抗校方由上而下的行政決策。2003年台中市政府興建工業區聯外道路打算貫穿東海校地，更掀起大規模的「東海保衛戰」抗爭。

成大MP3事件

2001年4月11日，臺南地檢署接獲「財團法人台灣唱片出版事業基金會」（IFPI）檢舉，前往成大學生宿舍搜索，查獲十四名學生涉嫌違反《著作權法》，非法下載MP3音樂及架設網站供人下載。該行動引起學生強烈反彈與恐慌，學生組成「成大MP3自救會」，展開營救行動，全臺數萬學生連署聲援。三個月後，IFPI在涉案學生道歉後撤回告訴，事件平息。